荷鲁斯在进攻地球皇宫时与帝皇展开了决斗，最终他落败身亡，但是帝皇也身负重伤。

他最终打倒了战帅，甚至连战帅的灵魂都从亚空间中根除了，这样毁灭性的力量使四神无法将他们的傀儡恢复。

大部分剩余的叛徒军团在荷鲁斯战败后逃入了恐惧之眼，他们的原体将他们的灵魂出卖给了混沌，成为了恶魔王子在恐惧之眼的腐化领域中统治着一个小小的混沌帝国。

荷鲁斯叛乱对帝国造成了无可估量的伤害。帝皇被搬入黄金宝座的静滞场内，如此方能维持一线生机。他的精神仅够维持着星炬，无法再亲自统治整个帝国。尽管叛军撤入了名为“恐惧之眼”（Eye of Terror）的亚空间裂缝中，但帝国仍然花费了数百年才平息了叛逆的余波。仍保持着忠诚的军团被分割成诸多小规模的“战团"以防重蹈覆辙。

帝国海军诞生于荷鲁斯之乱后对帝国军事力量的重新分拆，原本的帝国军被分拆为帝国海军和帝国卫队，后者也就是日后有帝皇的货币美誉的星界军。此举和拆分阿斯塔特军团的初衷相近，都是避免将一支庞大的军事力量置于少数人的控制下。

尽管大部分历史只强调了大叛乱后军事改革对帝国星际战士造成的影响以及分裂，但由于荷鲁斯之乱中倒向战帅一方的人几乎存在于任何一个大型组织或派系，因此在叛乱结束后，几乎每个相应组织都遭到了更严厉的约束或拆分作为惩罚。

机械神教被改组为机械修会，此举引发的震动在万机神的信徒中甚至超过了大叛乱本身，作为补偿，机械修会被给予了帝皇升天后，帝国理论上的最高统治机构，高领主议会的固定席位。

在大叛乱中“表现出色”的赛博尼提卡军团，机械神教中专司战斗机器人与自动化作战的组织，则被施加了尤其严厉的约束，禁止他们越过深红协定的雷池。

泰坦军团和骑士家族受到的公开限制较少，这是因为失去了星际战士的军团制度，他们很难再进行亚空间机动和战场投放（大远征期间这些工作都是星际战士的运兵船完成的），刺客庭和机械神教同样向这些家族中派出了眼线。

帝国军所遭受的拆分是最为精密和审慎的，帝国军中的虚空战力，包括舰队，战斗机群，具有亚空间机动能力的运兵船和炮艇（根据旧设定，海航的部分重型战斗机是配备有导航员和亚空间引擎的）都被归入帝国海军重新编组。